Los dirigidos por Fernando Gago jugarán contra el ganador entre guaraníes e incaicos en la fase 2 de la Copa Libertadores de América. Luego de un 2024 en el que participó de la Copa Sudamericana, el «Xeneize» se clasificó la Fase 2 del principal certamen continental.
Allí se enfrentará al vencedor de uno de los cruces de la Fase 1, que saldrá entre Nacional de Paraguay y Alianza Lima de Perú.
Copa Libertadores Fred Nantes, Director de Competencias y Operaciones de CONMEBOL, el encargado de mostrar los clubes sorteados, nombró en último lugar al conjunto de la ribera, que salió emparejado con E2, cuyo enfrentamiento es el anteriormente mencionado. Por otra parte, de acuerdo a la distribución de la llave, en caso de acceder a la Fase 3, se enfrentará con el ganador de Deportes Iquique de Chile o Independiente Santa Fe de Colombia.
Cabe mencionar, que en caso de que Boca clasifique a la fase de grupos de la Libertadores, no tendrá restricciones, por lo que podría cruzarse con River, Racing, Estudiantes, Vélez o Talleres en el mismo grupo; con el único que no se enfrentará en esta situación es Central Córdoba de Santiago del Estero por integrar el mismo bombo (4).
La acción comenzará la primera quincena de febrero con los cruces de la Fase 1. El debut de Boca Juniors será entre el 18 y 20 de febrero, de visitante, y cerrará la serie de la Fase 2 en la Bombonera una semana después. En caso de avanzar a la Fase 3, el conjunto de la ribera jugará entre el 4 y 6 de marzo la ida y entre el 11 y 13 del mismo mes, la vuelta.